El municipio pertenece a la Agrupación Intermunicipal de Vinuesa-Molinos de Duero capitalizada en Vinuesa.
La secretaria es María Jesús Lafuente Molinero.
Horario de secretaría y atención al público:
Martes y viernes de 13:00 a 15:00 horas.
Periodicidad de los plenos: Trimestral
Molinos de Duero pertenece a la Mancomunidad de los 150 pueblos de la tierra de Soria y a la Mancomunidad de Molinos de Duero y Salduero.